O primeiro trabalho de Fontoura da Costa, «A evolução da pilotagem em Portugal», saiu nos Anais do Clube Militar Naval, t. 62 (1931), pp. 93- 105; por esse tempo já o autor certamente preparava a sua monumental Marinharia dos Descobrimentos, que veio a ser inserida nos t. 63 e 64 (1933 e 1934, respectivamente) da mesma publicacão poriódica, repartida em capítulos; este trabalho sistemático, pleno de novidades e informado por uma sólida erudição, correu depois em volume, com assinalável e justo sucesso (o que justifica as reedições de 1939, 1960 e 1984); apesar de um ou outro deslize aliás fácil de corrigir, de que Fontoura da Costa não pode ser culpabilizado, esta obra continua a ser hoje uma referência insubstituível para os que quiserem estudar a história da náutica e da cartografia; a sua estrutura didáctica não é aqui incompatível com uma escrita amena, acessível e atraente, e por isso A Marinharia pode ser considerado um livro modelar.
Depois da publicação deste livro, Fontoura da Costa dirigiu a sua actividade para trabalhos de dois tipos: a análise ou interpretação de textos antigos e, em maior número, a edição ou reedição de fontes fundamentais para a história da arte de navegar dos Portugueses. No primeiro caso incluem-se, entre outros, L’ Almanach Perpetuum de Abraham Zacut, Leiria 1496 (de 1936), a sua colaboração para a História da Colonização Portuguesa no Mundo (1937), (1935) e, sobretudo, o excelente estudo As Portas da Índia em 1484 (1936), também divulgado pelos Anais do Clube Militar Naval, mas de que se fez separata há muito esgotada. No segundo lote de publicações, que lhe foram em grande parte encomendadas pela Comissão das Comemorações do Duplo Centenário da Fundação e Restauração, em 1940, incluem-se os Roteiros de D. João de Castro (3 vols.), o Tratado da Esfera do mesmo autor (que estava inédito), o Livro de Marinharia de Bernardo Fernandes (idem), Roteiro da Primeira Viagem de Vasco da Gama em linguagem actualizada (que teve reedições), Arte de Navegar por Cristóvão Bruno (1628) (que nunca fora publicado), Os Sete Únicos Documentos de 1500, Conservados em Lisboa, Referentes à Viagem de Pedro Álvares Cabral (1940), com reprodução fac-similada dos textos e a sua leitura diplomática en regard, etc.
Quando foi encarregado destes inúmeros trabalhos, Fontoura da Costa encontrava-se muito doente (faleceu no final de 1940); teve certamente o apoio de amanuenses, mas nem desse modo pôde evitar, ele que era tão cuidadoso, alguns pequenos deslizes. Assim, no prefácio à edição da obra de Cristóvão Bruno, diz não saber se o autor navegou – quando no texto este mesmo declara ter navegado até à Índia; também no chamado Roteiro da primeira viagem de Vasco da Gama há pelo menos a omissão de um trecho e uma permuta de parágrafos, falhas que não lhe podem ser imputadas, pois são decerto consequência de uma deficiente revisão tipográfica.
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