Após o noviciado, andou pregando em missão (1673) e foi substituto do Páteo no Colégio de Santo Antão, em Lisboa, onde também ensinou Humanidades e Retórica (1673-76). Obtendo em 1676 a Cátedra de Filosofia em Coimbra, passou, ao fim de quatro anos, para a de Teologia, em que, ao longo de dezasseis anos (1680-96), regeu as cadeiras e as matérias de todos os escalões do ensino teológico; em 1694, foi eleito por unanimidade Lente de Véspera de Teologia.
Acusado de ensinar «futilidades» e «novidades escusadas» (segundo a linguagem dos seus delatores) acabou por ser removido compulsivamente desta Cátedra, passando a ensinar Casos de Moral sucessivamente nas Cúrias Diocesanas de Braga (1696-1700) e do Porto (1700-08), em S. Roque (Lisboa) e por fim no Seminário de S. Patrício (também em Lisboa) até 1712.
Instado pelo Superior da Companhia para publicar as suas obras, retirou-se, então, por três anos da actividade docente (1713-16), dedicando esse tempo à revisão e apuramento dos textos das suas lições e à elaboração de trabalhos históricos. Após concluída esta tarefa, foi provido no cargo de Padre Espiritual e Examinador Sinodul do Colégio de Santo Antão, onde acabou os seus dias.
António Cordeiro ocupa lugar de relevo no panorama do pensamento português da segunda metade do século XVII e começos do século XVIII, em que representa os primeiros reflexos das novas correntes filosóficas que agitavam então a Europa (derivadas das de Descartes e de Gassendi, principalmente), às quais a Igreja opunha forte resistência. No entanto, embora fosse um eclético e um inovador (um «neotérico», na linguagem depreciativa do tempo), não se desviou profundamente da linha aristotélico-tomista, adoptada pela Companhia de Jesus.
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