Nasceu em Guimarães numa família de abastados proprietários rurais e matriculou-se em Direito na Universidade de Coimbra no mesmo ano que Antero de Quental (1858). Viveu com este, Teófilo Braga e outros o grande movimento da academia coimbrã, orientado no sentido de alargar o horizonte cultural da época e de introduzir em Portugal uma metodologia de rigor científico, movimento esse que culminou na chamada questão «Bom Senso e Bom Gosto».
Desperta já nessa altura o seu interesse pelo conhecimento das origens dos Portugueses, o que o leva a privilegiar a obra de Alexandre Herculano e a acompanhar ao longo de toda a sua vida os trabalhos arqueológicos, iniciados em 1874, na citânia de Briteiros por Martins Sarmento, outro insigne vimaranense, que procurou desvendar até à data da sua morte (1899) o mistério que envolvia o passado dos povos lusitanos.
Após a sua formatura (1863) Alberto Sampaio entrou em contacto em Lisboa com os meios literários, colaborou esporadicamente na Gazeta de Portugal, dirigida por Teixeira de Vasconcelos, e viajou pelo estrangeiro. Mas as exigências que lhe punha a administração de uma grande casa agrícola obrigaram-no a regressar ao País, passando a viver em Guimarães ou na casa paterna de Boamense, no concelho de Famalicão. É durante este período que Alberto Sampaio, numa procurada reclusão de gabinete e evitando aceitar cargos de natureza pública para os quais não se sentia vocacionado, elabora a sua notabilíssima obra de investigador.
À medida que meticulosamente ia produzindo os seus trabalhos, fazia-os sair em várias revistas da época: Revista de Portugal, Revista de Guimarães, Revista de Ciências Sociais e Humanas, Portugália e outras. Dispersos à data da sua morte, esses escritos foram coligidos postumamente e publicados sob o título de Estudos Históricos e Económicos, 2 vols., Porto, 1923.
A actividade agrária e a actividade marítima da região de Entre Douro e Minho são os aspectos focados pelo autor. Ao exame da primeira questão dedica os trabalhos A Propriedade e Cultura do Minho e Vilas do Norte de Portugal. Traça aí a evolução da propriedade rural, remontando aos tempos do colectivismo agrário, que caracterizava a gente dos castros ou citânias, dominante ainda na altura da ocupação romana da Península, até à criação da unidade de posse individual, introduzida por Roma e formalmente consagrada pelo seu Direito.
Uma reflexão intensa sobre a documentação coligida nos Portugaliae Monumenta Historica, o estudo das condições geográficas do Minho e a análise da toponímia local deram-lhe as linhas capitais que permitem o desenvolvimento da sua tese. O termo latino villa, que designa a unidade privada, reflecte a evolução desse processo de concentração individual da propriedade, e a frequência com que ele aparece indica a extensão territorial atingida nessa mesma transformação. A actividade marítima é tratada noutro conjunto de trababalhos.
Em O Norte Marítimo, dado a lume em 1889, e As Póvoas Marítimas do Norte de Portugal, publicado na revista Portugália de 1905 a 1908, onde fica inacabado, pois Alberto Sampaio estava a redigir o último capítulo quando faleceu, oferece-nos um quadro da vida portuária a norte do Vouga desde a época muçulmana até ao século XIV. O incremento na navegação e o sensível aumento do tráfico de mercadorias são assinalados como significativos desde a tomada de Lisboa aos Mouros. No entender do historiador, data desde então o maior interesse das populações pela navegação, pelo mar, por aquilo a que se chamará a nossa «vocação marítima».
O estudo que faz dos vários grupos humanos que, a pouco e pouco e em diversos períodos, se sobrepõem e misturam no mesmo espaço territorial permite-lhe traçar o perfil das populações que se constituem no século XII. Desta área partem os conquistadores que avançam para as terras do Sul e daí trazem outros costumes, hábitos e palavras árabes. Tendo em conta o que representou a conquista desses territórios, Alberto Sampaio considerava, e com razão, que a sua história do Noroeste português era da maior importância para compreender a história do resto do País. Por outro lado, a atracção que progressivamente vai exercer o mar sobre os Portugueses é encarada por ele como um rumo histórico de pesadas consequências que levará ao abandono da terra.
Alberto Sampaio não se apercebeu do significado da Revolução de 1383. Mas, investigador meticuloso que era, regista o aumento da actividade nos portos da região a norte do Vouga depois do ascenso do Mestre de Avis ao trono.
Admirador e continuador de Alexandre Herculano, Alberto Sampaio aderiu à sua tese das liberdades municipais na Idade Média, comungando na idealização romântica desse período. Rigoroso nos métodos, ele procura sempre determinar as condições naturais e históricas em que se desenvolvem as sociedades humanas. Estuda, assim, o enquadramento geográfico e o habitat das primeiras comunidades e debruça-se sobre a civilização das populações castrejas, revelando-se um pioneiro da geografia humana. Particularmente atento aos factores económicos, ele sabe integrá-los com os factores geográficos, étnicos, históricos e sociais, entendendo-os na sua dinâmica própria e no plano de conjunto da sua interdisciplinaridade – o que faz dele um precursor da historiografia moderna.
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