Leccionava no Porto quando Leonardo Coimbra fundou, por Lei de 27 de Agosto de 1919, a Faculdade de Letras portuense, aliás de efémera duracão (foi extinta em 1928); nela ingressou Damião Peres, que, além das suas actividades docentes, deu grande apoio administrativo à nova escola, chegando a ser seu director, lugar que desempenhava quando ela foi encerrada; criara na sua Faculdade uma Revista de Estudos Históricos (em 1924), onde colaborou com notas sobre diferentes temas, e iniciara ainda uma História de Portugal, que, editada em Barcelos, é conhecida por História de Barcelos, reunindo trabalhos do seu director e dos historiadores de maior renome naquele tempo (os 8 vols. desta obra monumental foram publicados entre 1928 e 1937; há 1 vol. suplementar, saído em 1958).
Em 1931 Damião Peres ingressou na Universidade de Coimbra como professor catedrático, depois de defender uma dissertação intitulada A Diplomacia Portuguesa e a Sucessão de Espanha de 1700 a 1704 (editada em 1931). Dedicou-se então ao ensino das disciplinas que mais o interessavam, ou seja, História dos Descobrimentos, Paleografia e Diplomática e, ainda, Numismática, além de História de Portugal – cadeira que lhe estava naturalmente destinada, tendo em vista a sua dinâmica acção no erguer do importantíssimo edificio da História de Barcelos.
A partir da sua posse na Faculdade de Letras de Coimbra, os títulos dos seus trechos somam-se a uma cadência pendular; com efeito, publicaria sucessivamente: Como Nasceu Portugal (1938 com sucessivas edições); O Império Português na Hora da Restauração (1940); História dos Descobrimentos Portugueses (1943, reeditado com revisão em 1960); D. Pedro nas Páginas do Seu Diário Íntimo (1945); O Descobrimento do Brasil por Pedro Álvares Cabral (1949); Estudos de História Luso-Brasileira (colectânea publicada em 1956); etc.
Procedeu também à edição ou reedição de textos relevantes para a história da expansão, nomeadamente o Esmeraldo de Situ Orbis de Duarte Pacheco Pereira (1954), Viagens de Luís Cadamosto e de Pedro de Sintra (1948), Duas Descrições Seiscentistas da Guiné de Francisco de Lemos Coelho (1952), etc.
No domínio da numismática deixou contribuições de vulto, devendo merecer referência especial a História Monetária de D. João III (1956) e a História dos Moedeiros de Lisboa como Classe Privilegiada (1964).
Na extensa bibliografia de Damião Peres distingue-se a citada História dos Descobrimentos: foi livro de texto dos alunos da cadeira com o mesmo nome, no decurso de muitas gerações, e ainda é hoje obra a consultar com proveito por quem se interesse pela exposição narrativa das viagens marítimas dos Portugueses e pelas polémicas a que deram lugar.
Damião Peres pertenceu à Academia Portuguesa da História desde que ela foi restaurada em 1936, sendo eleito seu secretário-geral e tendo ocupado este lugar durante trinta anos; foi também membro e secretário-geral da Academia das Ciências de Lisboa; nestas duas instituições científicas viria a ser eleito sócio de mérito.
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