Doutorado em 1916 com uma tese intitulada Drogas e Farmacopeia, foi amigo de Pulido Valente, Reynaldo dos Santos, Ramada Curto, Camara Reys, Carlos Olavo, Fernando Lopes-Graça, entre outros nomes da cultura portuguesa da época. Conheceu também Fernando Pessoa, com ele tendo trocado interessante correspondência relacionada com os princípios de uma projectada colaboração no que Pessoa desiguaria de «uma revista portuguesa exclusivamente destinada ao estrangeiro» (carta de 20 de Abril 1919 – cf. Seara Nova, nº. 795, 7 de Novembro de 1942).
Exerceu medicina em Olhão e foi professor do Liceu o director da Escola Primária Superior de Faro.
Francisco Fernandes Lopes distinguiu-se pelo seu espírito enciclopédico, atendo-se especialmente ao estudo da filosofia, da história dos Descobrimentos e da música. É de registar, no campo literário, o seu interesse pela escola simbolista, nomeadamente por Camilo Pessanha e João Lúcio. Compôs um bailado – Cristóvão Colombo –, várias peças para piano – de entre as quais a Balada do Fumo, 1913 – e outras para piano e canto. Ainda no campo da investigação musicológica, é de destacar o seu contributo para a identificação da música das Cantigas de Santa Maria de Afonso X, cujos códices estudou demoradamente na Biblioteca Nacional de Madrid e na Biblioteca do Escorial, quando, om 1934, aí se deslocou na qualidade de bolseiro da Junta de Educação Nacional.
Empenhado na dinamização cultural da vila de Olhão, Francisco Fernandes Lopes promoveu aí inúmeras conferências de carácter musical e literário, tendo sido ele próprio autor de muitas delas, como: A Melodia Francesa Contemporânea, A Música nos Autos de Gil Vicente, Do Maravilhoso Pagão em Gil Vicente, Nova História do Primeiro Descobrimento Colombino, Do Germarnismo em Antero, O Algarve e o infante D. Henrique, Sobre o Poeta João Lúcio (1921), Breve Memória sobre a Vida e a Arte de Henrique Pousão (1946), Origem e Evolução do Fado – Da Guitarra à Sinfonia (1953?).
Pertenceu por algum tempo ao grupo da «Renascença Portuguesa», do Porto, e foi membro, entre outras instituições, do Grupo Português da História das Ciências, da Sociedade de Geografia de Lisboa, do Instituto Português de Arqueologia, História e Etnografia. Dirigiu a «revista de cultura luso-francesa» Afinidades (Faro-Lisboa, 1542-1945).
Participou em numerosos congressos internacionais e colaborou, entre outras obras colectivas, na Grande Enciclopédia Portuguesa e Brasileira, no Dicionário da História de Portugal, na História da Expansão Portuguesa no Mundo e nas revistas Seara Nova, Atlântico, Brotéria, De Música, Ocidente, Colóquio, etc. É ainda autor de A Figura e a Obra do Infante D. Henrique (1960).
Por ocasião das comemorações do centenário de Francisco Fernandes Lopes, a Câmara Municipal de Olhão editou uma recolha de alguns dos seus ensaios, dispersos por aquelas publicações, a que deu o título A Música das Cantigas de Santa Maria e Outros Ensaios (1985).
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