Regressado a Portugal em 1505, foi aqui recebido por D. Manuel com todas as honras, sendo-lhe confiado, entre 1520 e 1522, o governo do castelo de São Jorge da Mina, onde foi, porém, vítima de intrigas que levariam à sua prisão, morrendo pobre e marginalizado.
O Esmeraldo de situ orbis […] publicado em 1892, em edição preparada por Azevedo Basto, consta de quatro livros mas obedece a um plano de cinco livros que teriam por objecto, segundo o próprio Pacheco Pereira declara em prólogo, uma obra «de cosmografia e marinharia» que descrevesse a costa africana. A designação «de situ orbis» – título do tratado geográfico de Pompónio Mela – é, pois, coerente com esse projecto.
Trata-se, de certo modo, do registo da sua própria experiência de navegador, residindo o interesse histórico literário de tal registo no testemunho claro de certa mentalidade experimental da época, mais empírica que formal, um pouco do mesmo modo que Garcia de Orta e Pedro Nunes, seus contemporâneos, e sempre com a preocupação explicita de se demarcar das efabulações dos sábios amigos.
Mais do que o relato nele contido, o que confere significado peculiar ao Esmeraldo […] é justamente esse sentido crítico do próprio narrador, e essa preocupação da «pura verdade» que por outros modos instruiu Camões e os espíritos mais lúcidos da época.
No período charneira que é o da transição do século XV para o século XVI, Duarte Pacheco Pereira surge, pois, à sua maneira, como um dos introdutores da réplica literária da geração da expansão. Motivo de inspiração heróica para o arcádico Cruz e Silva, a sua personalidade vem sendo, em termos históricos e culturais, objecto da atenção dos investigadores contemporâneos, nomeadamente de uma tese de doutoramento de Joaquim Barradas de Carvalho.
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